1. 新疆大学：坐落于新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐市，是教育部与新疆维吾尔自治区人民政府“部区合建”的综合性全国重点大学，世界一流大学建设高校。
2. 石河子大学：坐落于新疆石河子市，由教育部和新疆生产建设兵团共建，是国家“211工程”重点建设高校、国家“世界一流学科建设高校”。
3. 昌吉学院：是昌吉回族自治州唯一的一所多学科、多专业的高等院校，也是新疆维吾尔自治区人民政府举办的全日制普通高等学校。
排名后3名的分别是：
1. 新疆农业大学：坐落于新疆乌鲁木齐市，是自治区重点建设的一所农业高等院校，是新中国成立后新疆建立的第一所本科院校。
2. 新疆师范大学：坐落于新疆乌鲁木齐市，是自治区重点建设高校。
3. 塔里木大学：坐落于新疆阿拉尔市，是中央和新疆生产建设兵团共建高校、教育部“卓越医生教育培养计划”、“卓越工程师教育培养计划”和“卓越农林人才教育培养计划”改革试点高校。
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