肇庆学院计算机学院拥有2个省级重点学科、1个省级工程研究中心、1个广东省普通高校计算机教育品牌专业、1个广东省普通高校计算机教育精品课程、1个广东省实验教学示范中心，计算机学科已经成为学院办学规模最大的学科，形成了以计算机科学与技术为主干，包括软件工程、网络工程、信息管理与信息系统、教育技术学4个本科专业在内，涉及计算机应用技术、计算机软件与理论、计算机系统结构等3个二级学科在内共10个专业方向人才培养的格局。
肇庆学院文学院是肇庆学院历史最悠久的学院，目前开设有汉语言文学、网络新媒体、汉语国际教育等3个专业以及书法学（师范类）1个专业。其中，汉语言文学是肇庆学院重点建设专业。
肇庆学院外语系是肇庆学院最早成立的系科之一，目前外语系开设有英语（师范类）、英语翻译、商务英语和翻译4个专业。
肇庆学院数学系是肇庆学院办学历史最悠久的院系之一，目前开设有数学与应用数学（师范类）、信息与计算科学、统计学3个专业。
肇庆学院物理与电子工程学院是肇庆学院办学规模最大的二级学院之一，目前开设有电子信息工程、通信工程、自动化、电气工程及其自动化4个专业。
此外，肇庆学院还开设有经济管理学院、美术学院、旅游管理学院等院系，每个院系都有自己的特色和优势专业。
