工程物理系专业排名是一个重要的议题，它对于那些希望在工程物理领域深造的学生来说尤为重要。工程物理研究生专业排名主要考虑的是该专业的研究成果、学术声誉以及教学质量等因素。

根据最新的数据，工程物理研究生专业排名前三的大学分别是：清华大学、北京大学和复旦大学。在这三所大学中，清华大学在工程物理研究生教育方面的表现尤为突出，其在科研成果、学术声誉以及教学质量等方面均表现出色。其次，北京大学在工程物理领域的专业排名也非常靠前，其在科研和教学方面都有着优秀的表现。第三，复旦大学在工程物理研究生教育方面的表现也非常出色，其在科研和教学方面都有着优秀的表现。

总的来说，工程物理研究生专业排名前三的大学分别是清华大学、北京大学和复旦大学。这些大学在工程物理领域的研究成果、学术声誉以及教学质量等方面都有着优秀的表现，对于那些希望在工程物理领域深造的学生来说，这些大学都是非常值得考虑的。