合肥城市学院有13个学院，分别是健康科技学院、智能科技学院、环境工程学院、艺术传媒学院、经管学院、外国语学院、教育学院、理学院、文学院、马克思主义学院、继续教育学院等。

其中，健康科技学院有护理学专业、健康服务与管理专业、康复治疗学专业、应用心理学专业、中药学专业。智能科技学院有计算机科学与技术专业、软件工程专业、信息管理与信息系统专业等专业。环境工程学院有环境设计专业、视觉传达设计专业等专业。艺术传媒学院有数字媒体艺术专业、环境设计专业、视觉传达设计等。教育学院有心理学专业、教育学专业、早期教育专业等专业。外国语学院有商务英语专业、翻译专业、英语教育专业等专业。