《蜘蛛侠3》的故事发生在《蜘蛛侠2》之后，彼得·帕克和玛丽·简·沃森分手，变成了一个独行侠。同时，他发现了一个叫做神秘客的神秘人物，他宣称自己掌握了蜘蛛侠的秘密，并将在全世界面前揭露蜘蛛侠的真实身份。彼得决定，为了阻止神秘客的计划，他必须找出神秘客的真正身份。

彼得找到了神秘客的线索，但他却发现自己也被卷入了一个更大的阴谋中。原来，神秘客是一个被犯罪组织控制的机器人，他被利用来威胁世界政府，以换取犯罪组织的犯罪活动不被揭露。彼得意识到自己无法单独阻止这个阴谋，于是他决定联合其他超级英雄一起对抗神秘客和犯罪组织。

在一场惊心动魄的战斗中，彼得和其他超级英雄成功地打败了神秘客和犯罪组织，保护了世界的和平。但是，彼得也意识到，他不能再像以前那样简单地生活了。他意识到自己已经成为了一个英雄，并且他必须为这个身份做好准备。

最终，彼得决定离开纽约市，前往一个远离人群的地方，开始他新的生活。他在临别之际对玛丽·简表达了自己的爱意，告诉她自己已经找到了自己的道路。玛丽·简虽然很痛苦，但她也理解彼得的决定，她祝他幸福。彼得离开了纽约市，但他永远都会记得自己的责任——保护世界的安全。