济宁医学院国家级特色专业包括临床医学和药学两个专业。临床医学专业注重培养具有扎实的医学基础理论和较强的临床实践能力的医学专门人才，学生毕业后能够从事临床医疗、科研、教学等方面的工作。药学专业则注重培养具备扎实的药学基础理论和较强的药物研发、生产、质量控制等方面能力的药学专门人才，学生毕业后能够在药品研发、生产、流通、监管等领域从事相关工作。

济宁医学院的热门专业包括临床医学、药学、医学影像学、护理学、生物工程、生物制药、中药学等。临床医学专业是该校的特色专业之一，培养方向为具有扎实的医学基础理论和较强的临床实践能力的医学专门人才。药学专业是该校的优势专业之一，培养方向为具备扎实的药学基础理论和较强的药物研发、生产、质量控制等方面能力的药学专门人才。此外，该校的医学影像学、护理学、生物工程、生物制药、中药学等专业也备受考生青睐。

综上所述，济宁医学院的国家级特色专业包括临床医学和药学两个专业，热门专业包括临床医学、药学、医学影像学、护理学、生物工程、生物制药、中药学等。这些专业的培养方向均为培养具备扎实的医学或药学基础理论和较强的实践能力的医学或药学专门人才，学生毕业后能够在医疗、制药、生物工程等领域从事相关工作。