1. 医学学院：该学院开设了护理、医学影像技术、口腔医学技术、药学、中医学、针灸推拿等专业。
2. 信息技术学院：该学院开设了计算机应用技术、计算机网络技术、软件技术、物联网应用技术等专业。
3. 商学院：该学院开设了会计、财务管理、市场营销、国际贸易实务等专业。
4. 教育学院：该学院开设了学前教育、小学教育、英语教育、体育教育等专业。
5. 艺术与设计学院：该学院开设了视觉传达设计、环境艺术设计、数字媒体艺术、服装与服饰设计等专业。
6. 交通学院：该学院开设了交通运输、物流管理、民航运输管理等专业。
7. 健康学院：该学院开设了老年保健与管理、健康管理、家政服务与物业管理等专业。
8. 旅游学院：该学院开设了旅游管理、酒店管理、烹饪工艺与营养等专业。
除此之外，云南新兴职业学院还设有继续教育学院、国际教育学院等多个学院，为不同需求的学子提供多元化的教育选择。
