学校有27个一级学科,4个学科群,5个学科领域进入ESI全球排名前1%。有国家临床重点专科2个,国家地方联合工程实验室1个,国家级国际科技合作基地1个,教育部重点实验室1个,卫生部重点实验室1个,科技部国际科技合作基地1个,国家卫生计生委重点实验室1个,贵州省重点实验室4个,贵州省工程实验室2个,贵州省国际科技合作基地1个,贵州省国际科技合作基地1个,贵州省协同创新中心3个,贵州省科技创新人才团队4个,贵州省工程中心2个。有临床医学进入“双一流”建设学科名单。
贵州医科大学重点学科有临床医学、药理学与毒理学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、分子生物学与遗传学、免疫学、病理学与病理生理学、生物物理学与生物化学、公共卫生与预防医学、中医学、中西医结合。