中山大学南方学院转设为广州南方学院，将直接影响到毕业生的毕业证。根据教育部的规定，学校转设后，其名称、办学性质、专业方向、课程设置等将发生相应变化，这些变化也会在毕业证上有所体现。

根据相关规定，中山大学南方学院转设后，将更名为广州南方学院。在毕业证上，原有的中山大学南方学院的名称将变更为广州南方学院，这意味着，持有广州南方学院毕业证的毕业生，其学历将受到教育部认可。

中山大学南方学院转设后，办学性质也发生了变化。根据教育部规定，学校将由民办转为公办性质。在毕业证上，这一变化也会得到体现。因此，持有广州南方学院毕业证的毕业生，其学历将受到教育部认可，并具有公办性质。

此外，中山大学南方学院转设后，专业方向和课程设置也将发生变化。根据教育部相关规定，学校将根据社会需求和自身发展情况，调整专业方向和课程设置。这些变化也会在毕业证上有所体现。因此，持有广州南方学院毕业证的毕业生，其学历将受到教育部认可，并具有公办性质。

综上所述，中山大学南方学院转设为广州南方学院后，其名称、办学性质、专业方向、课程设置等将发生变化，这些变化也会在毕业证上有所体现。持有广州南方学院毕业证的毕业生，其学历将受到教育部认可，并具有公办性质。