计算机科学系是学院最大的院系之一，涵盖了计算机科学与技术、软件工程、网络工程等多个专业。电子信息工程系则注重电子、通信、自动化等领域的教学和研究。机电工程系则以机械制造、自动化等专业为主，同时也注重产学研合作。建筑工程系则涵盖了土木工程、建筑学等专业，同时也注重实践技能的培养。管理系则以工商管理、会计学、旅游管理等为主要专业方向。人文社科系则注重人文社会科学领域的教学和研究，包括文学、历史、哲学等。基础部则主要负责学院的教学和科研的基础工作。
学院在课程设置上注重实践技能的培养，采用“理论+实践”的教学模式，注重学生的实践操作能力和创新能力的培养。学院还与多家企业和研究机构合作，为学生提供了丰富的实践和实习机会。
福州科技职业技术学院作为一所公立高校，秉承“崇德、务实、求精”的校训，注重实践教学和研究，旨在培养具有创新精神和实践能力的应用型人才。
