学院设有生物技术学院、园艺园林学院、动物科学学院、机电工程学院、工程技术学院、食品与艺术学院、马克思主义学院、国际教育学院、创新创业学院、继续教育学院和北京国际都市农业科技培训中心等教学单位。现有专业包括都市生态产业链相关所有专业，主要分为三大类：生物技术类专业、食品艺术类专业、都市生态工程类专业。现有生物技术类专业7个，园艺园林类专业5个，动物科学类专业4个，机电工程学院2个，工程技术学院2个，食品与艺术学院3个，马克思主义学院1个，国际教育学院2个，创新创业学院1个，继续教育学院1个。
北京农业职业学院2022年招生计划总数为6000人，其中普通类专业5400人，艺术类专业600人。2022年北京农业职业学院在全国30个省（市、自治区）共计划招生3860人。其中普通类计划招生3000人（包含综合改革省份500人），艺术类计划招生600人，体育类计划招生20人。高职高专分类考试招生3200人（包含综合改革省份600人），实际录取新生3818人（含普通类2655人、艺术类600人、体育类53人），实际录取人数大于招生计划总数。
北京农业职业学院招生录取工作严格按照教育部有关规定进行，坚持“公平竞争、公正选拔、综合评价、择优录取”的原则。学院招生工作接受纪检监察部门、考生及其家长以及社会各界的监督。
