临床医学是济宁医学院的龙头专业，也是山东省品牌特色专业。该专业拥有山东省人文社科重点研究基地-山东省社区卫生协会，拥有山东省临床重点专科3个（消化内科、心血管内科、神经内科）、济宁市重点学科7个（外科学、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、神经生物学、流行病与卫生统计学、病理学与病理生理学）、济宁市重点实验室2个（心功能实验室、神经生物学实验室）、济宁市工程技术研究中心1个（脑血管病研究中心）等。
医学影像学是济宁医学院的特色专业之一，也是国家级特色专业建设点。该专业拥有山东省临床重点专科1个（放射科）、济宁市重点学科3个（放射学科、超声科、核医学科）、济宁市重点实验室1个（医学影像重点实验室）、济宁市工程技术研究中心1个（医学影像研究中心）等。
护理学是济宁医学院的品牌专业之一，也是山东省品牌特色专业。该专业拥有山东省临床重点专科1个（儿科护理学）、济宁市重点学科2个（儿科护理学科、护理学科）、济宁市重点实验室1个（护理技能培训中心）、济宁市工程技术研究中心1个（护理研究中心）等。
医学检验技术是济宁医学院的优势专业之一，也是山东省品牌特色专业。该专业拥有山东省临床重点专科1个（输血医学）、济宁市重点学科2个（输血医学、检验学科）、济宁市重点实验室1个（医学检验技术实验室）、济宁市工程技术研究中心1个（医学检验研究中心）等。
生物医学是济宁医学院的特色专业之一，也是山东省品牌特色专业。该专业拥有山东省临床重点专科1个（生物医学工程）、济宁市重点学科2个（生物医学工程、生物工程学科）、济宁市重点实验室1个（生物医学工程实验室）、济宁市工程技术研究中心1个（生物医学工程研究中心）等。
总之，济宁医学院在临床医学、医学影像学、护理学、医学检验技术、生物医学和生物工程等领域拥有较强的师资力量和科研实力，其重点专业和学科在山东省和济宁市都具有很高的知名度和影响力。
