江西中医药大学有13个学院和2个系，共设有25个本科专业，涵盖了医学、理学、工学、管理学、教育学等5个学科门类。

这13个学院和2个系分别是：医药学院、中医学院、针灸推拿学院、骨伤学院、护理学院、药学院、人文学院、管理学院、体育系、基础医学院、第一临床医学院（抚州）、第二临床医学院（南昌）、第三临床医学院（井冈山）、第四临床医学院（赣南）、研究生院、国际教育学院、继续教育学院以及马克思主义学院和第二临床医学院（芝山）。

学校的本科专业包括：中医学、中药学、药学、针灸推拿学、护理学、信息管理与信息系统、工商管理、英语、公共事业管理等。此外，江西中医药大学还有4个一级学科博士点，6个一级学科硕士点，24个硕士专业学位类别，2个博士后科研流动站。