《名侦探柯南》中阿笠博士的真实身份是在第49集揭晓的。在剧情中，柯南在得知阿笠博士就是黑衣组织的最后接触人时，感到非常惊讶并且有种不好的预感。正当柯南想要继续追问时，阿笠博士却突然感到不适，之后柯南便立即给灰原哀解药，让她摆脱了药物的控制。在此之后，阿笠博士将真相托盘而出，原来他就是黑衣组织的最后接触人。

关于阿笠博士结局，在动画中，阿笠博士成功解开自己的身世之谜，并且揭露了幕后真凶，最后结局如何并没有详细交代。但是从已有的剧情中可以看出，柯南和阿笠博士之间的关系十分紧密，阿笠博士也是柯南剧情中的重要角色之一。

在《名侦探柯南》中，阿笠博士是一个非常重要的角色，他的聪明才智和科学知识为柯南破案提供了重要的帮助。同时，阿笠博士也是柯南成长道路上的一位重要人物，他的关心和支持让柯南能够不断成长和进步。因此，阿笠博士的结局也是整个剧情中不可或缺的一部分。