学院前身是创建于1956年的广东省林业干部学校,历经广东省林业干部学院、广东省林业职业技术学校、广东省林业学校等多个办学阶段。2003年5月,经广东省人民政府批准、教育部备案,广东生态工程职业学院正式成立。2014年,通过广东省教育厅第二批高等职业院校人才培养评估。2018-2019年,连续两年获得中国林业与环境促进会“全国生态文明教育特色院校”称号。
学院位于广州市天河区,现有东校区和西校区两个校区,总占地面积为31.98万平方米,校舍建筑面积为11.91万平方米。学院设有生态工程系、林业技术系、环境监测与治理技术系、财务管理系、机电工程系、计算机系、基础课部和继续教育学院等5系2部1院,共开设森林资源类、环境生态类、土木建筑类、财经商贸类、电子信息类、文化艺术类、交通运输类和教育与体育大类等21个专业或专业方向。