荆州学院设有18个二级学院，涵盖理、工、文、经、管、法、教育、艺术等多个学科领域。其中，主要的二级学院包括：
1. 商学院：该学院下设经济学、财务管理、会计学、人力资源管理、市场营销等本科专业。
2. 工学院：该学院下设计算机科学与技术、机械设计制造及其自动化、电子信息工程等本科专业。
3. 医学院：该学院下设临床医学、护理学等本科专业。
4. 教育学院：该学院下设教育学、心理学等本科专业。
5. 艺术学院：该学院下设视觉传达设计、环境设计、美术学等本科专业。
6. 法学院：该学院下设法学、知识产权等本科专业。
7. 外国语学院：该学院下设英语、日语等本科专业。
8. 理学院：该学院下设数学与应用数学、信息与计算科学等本科专业。
9. 文学院：该学院下设汉语言文学、新闻学等本科专业。
10. 医学院护理学院：该学院下设护理学本科专业。
11. 医学院医学影像学系：该系下设医学影像学本科专业。
12. 医学院临床医学系：该系下设临床医学本科专业。
13. 医学院口腔医学系：该系下设口腔医学本科专业。
14. 医学院医学检验系：该系下设医学检验技术本科专业。
15. 医学院康复治疗学系：该系下设康复治疗学本科专业。
