在医学领域，石河子大学的强项专业包括临床医学、药学、护理学等。临床医学专业以培养医学人才见长，拥有一支教学经验丰富、学术水平高的师资队伍，具有较高的科研实力。药学专业以研究药物和药理学为主要方向，为药物研究和开发提供了有力支持。护理学专业注重培养具有扎实的护理理论知识和技能的高级护理人才，在临床实践中有着广泛的运用。
在农学领域，石河子大学的强项专业包括农学、园艺学、动物科学等。农学专业主要研究农作物栽培、遗传育种、农业生态等方面的问题，是农业生产的重要支撑。园艺学专业注重培养具有园艺学基础理论和实践技能的人才，在果树、蔬菜、观赏植物等园艺作物生产方面有着广泛的应用。动物科学专业主要研究家畜的饲养与管理、繁殖与育种等方面的问题，为畜牧业的发展提供了重要支持。
除此之外，石河子大学还有经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学等多个领域的强项专业。这些专业都具有较高的学术水平和广泛的应用前景，为当地和全国的经济社会发展做出了重要贡献。
