石河子大学党委常委班子由党委书记、校长李孝军，党委副书记、副校长王红，党委副书记、纪委书记王海燕，党委委员、副校长张平，党委委员、副校长吴燕，党委委员、副校长唐庆九，党委委员、副校长梁瑞山，党委委员、组织部部长朱大伟，以及校务委员会原主任陈东辉组成。
石河子大学是国家“211工程”重点建设高校、部省合建高校、国家一流学科建设高校、国家“双一流”建设高校，是丝绸之路大学联盟、中西部高校综合实力提升工程高校、卓越工程师教育培养计划高校，入选国家建设高水平大学公派研究生项目、国家大学生文化素质教育基地，是国家西部重点建设高校和“深化创新创业教育改革示范高校”。
石河子大学设有23个学院（部），开设73个本科专业；有5个博士后科研流动站、6个一级学科博士点、61个二级学科博士点、1个合圣贤学博士点（不含一级学科），20个一级学科硕士点、123个二级学科硕士点、17个专业硕士学位授权点；有1个国家重点学科；有一级学科自治区重点学科13个，其中生态学是国家“双一流”建设学科。