齐鲁医药学院设有13个二级学院，分别为护理学院、药学院、医学技术学院、口腔医学院、临床医学院（附属医院）、基础医学院、国际护理学院、国际教育学院、马克思主义学院、航空与外国语学院、文正学院、荣成学院。

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