闽南科技学院的王牌专业包括计算机科学与技术、通信工程、电子信息工程、机械设计制造及其自动化、产品设计、网络工程、软件工程、自动化、电子商务、工商管理、财务管理、国际经济与贸易。这些专业在学院的教学体系中得到了充分的重视和发展，拥有优秀的师资力量和先进的教学设施。

在这些专业中，计算机科学与技术和软件工程专业是学院的招牌专业，拥有优秀的师资力量和先进的教学设施，毕业生就业前景广阔。通信工程专业是当前热门的专业之一，毕业生就业前景较好。自动化专业是学院的特色专业之一，拥有优秀的师资力量和先进的教学设施，毕业生就业前景广阔。工商管理专业是学院的热门专业之一，毕业生就业前景较好。

总的来说，闽南科技学院的王牌专业在教育质量和就业前景方面都有着不错的表现，是值得考虑的专业之一。