新疆理科354分能报考的大学有：

* 昌吉学院
* 伊犁师范学院
* 塔里木大学
* 新疆理工学院
* 乌鲁木齐职业大学
* 新疆职业大学

新疆理科341分能报考的大学有：

* 昌吉学院
* 新疆理工学院
* 伊犁师范学院
* 塔里木大学
* 乌鲁木齐职业大学
* 新疆职业大学

以上这些学校都是根据去年的分数线推断的，具体的录取结果请以今年的实际录取情况为准。由于大学的分数线和录取情况会根据每年的情况而变化，所以建议您查看最新的招生信息，或者咨询相关的招生机构。