粮食工程专业最好的大学需要视情况而定。

在教育部第四轮学科评估中，粮食工程学科评估结果为B，较好的大学有南昌大学、东北农业大学、南京财经大学、河南工业大学、安徽工程大学、西南大学等。985高校中只有东北农业大学有粮食工程本科专业，211高校中有南昌大学、安徽工程大学和西南大学。

综上所述，粮食工程专业最好的大学存在争议，需视情况而定。